外玄関から共用廊下と階段を使って内玄関にそれぞれ世帯があるので、共同住宅の扱いになる可能性があります。内玄関が普通の室内ドアなら上下行き来がある2世帯住宅として判断できるかもしれません。判断は審査機関に事前相談して回答をもらいます。ハウスメーカー担当者が審査機関の担当者に確認しないのでしょうか。

ご回答ありがとうございました。
内玄関が鍵付きの室内ドアなら大丈夫な可能性もありますか？
ハウスメーカーが、審査機関に確認したかどうかは分かりません。

質問回答が出来なかったのでこちらに書き込みさせて頂きます。
上記の方が言及されている通り、共同住宅と見なされてご依頼されているハウスメーカーの提携ローンでは通らない（相談の有無に関わらず）、ということかなと想像できます。おそらく、ですが、内玄関に室内ドアであっても鍵をつけると、１階バレエスタジオと住戸のうちの一つの合わせて約２／３の面積がm.m様にとって収益を得ることの出来る部分と見なされ（実際にご家族が住むかどうかは関係ありません）、住宅ローン取得は難しいのではないかと思われます。
玄関２つの件も含めて、ハウスメーカーでは難しいということでも設計事務所なら対応可能な事柄は多いです。少なくとも、同じ計画のまま中で繋がなくても事情がわかる設計事務所で進めれば住宅ローンがおりる方法はあります。設計事務所にご相談されることをお勧めします。
https://www.ststda.com