混構造で平家建てなら同じ階に2種の構造が存在します。その場合はエキスパンションで構造的に分割されて切り離れていなければ元々違反建築です。これを構造をいじらずにリノベーションすると違反建築のままでしょう。

平面的に異種構造体が繋がると揺れ方が違うため壊れるからです。

4号建築の申請無しのリノベーションは構造をいじれないはずです。

工務店や建築家に相談する前に役所に相談すべきです。