先程、質問コーナーへの回答が誤っていました。

修正ができないようなので、こちらに回答いたします。初めまして。クサノユカリ建築設計室と申します。
京都で活動している設計事務所です。

ご質問の件、今ちょうど木造の耐火建築物で三階建ての住宅を設計中です。
天井高さについて、高さに規制はありません。
（ちなみに、弊社で設計中の物件は5ｍの吹き抜けがありますよ。）

もちろん、道路斜線制限や地域の高さ規制は守らなければいけませんが、
耐火だから、〇ｍという規制はないので、ハウスメーカーの社内規定ではないでしょうか？

後、外壁に木板を張ることも可能ですが、そのあたりは諸条件がありますので、
担当の設計士へ相談された方が確実です。
ご参考になれば幸いです。

クサノユカリ建築設計室
https://www.kusanoyukari.com/