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ご提示なされた条件について【法律的是正点】
・3階部分は階段以外の室があることが想定されますので、原則は階数に含みます。（物見塔等の場合で建築面積が32坪以上の場合は階数には含みませんが、1・2階各28坪、3階4坪の場合は地上３階となります。）
3階の概算は、屋上バルコニーは屋根の上にデッキを造る事になりますので
施工床面積(屋上バルコニー部分も含む)×木造坪単価が適当です。

・法律では中２階とか高基礎・半地下とかの表現(用語)はございません。

・高基礎とは、ＲＣ造１階の床下のコンクリート土間(スラブ)をＧＬ+1.0～1.2ｍとしたいという意味でしょうか？それとも基礎の立ち上がりだけをＧＬ+1.0～1.2ｍとしたいのでしょうか？何れにしても基礎のベースはＧＬ以下になります。木造住宅ですので、地下部分を除きベタ基礎の耐圧版(ベース)に加えてコンクリート土間を打設するのは無駄になると思いますので、単に立ち上がりを高くするだけでいいと思います。
地下部分も1階スラブを打設とするよりは2階床同様とした木造の方が安価ではあります。

また、半地下ということで1ｍ～1.2ｍを想定なさっていらっしゃるのでしょうが、建築物の階の間には木造の場合60ｃｍ程度の天井裏･小屋裏スペースが必要となります。地上部に窓を設置する時は地盤面から最低30ｃｍ以上と窓の下端を致しますので、1階床の高さが1.2ｍの場合は窓の高さは最高でも30ｃｍとなり地下に居室を設ける場合は採光規定を満足させる事が難しいです。
地階を除く基礎の概算として（１階施工床面積－地下施工床面積）×ＲＣ造坪単価×0.5を考慮するとより安全側となりこの段階の算定として適当です。

・今回、中２階と仰られているのはロフトとして基準法の延べ面積に含まない様にしたいと考えてよろしいでしょうか？⇒ロフト5坪とリビング･玄関の天井高さを通常の天井高さ+1.40ｍ未満。はたまた、もしかすると、5坪程をリビング＆玄関の天井高さ+1.40ｍ未満としたいのかもしれませんね。結論としては、何れの場合でも1階の階高が1.5倍程度となりますので、1階の概算は施工床面積×木造坪単価×1.5とする必要がございます。加えて、階として考えない場合は階高が1.5倍となるので柱の寸法も1.5倍程度になりますことご認識下さいませ。階高4.5ｍ(梁300)の時4200/30＝140→150(5寸柱)

・地階は地盤面より低い所にＢ1床面(ＦＬ)が有り、（ＧＬ～Ｂ1ＦＬ）≧Ｂ１階の天井高×1/3をいいます。高基礎で記入した様に1ＦＬをＦＬ+1200とするとＢ1ＦＬはＧＬ-1800となります。
Ｂ1階の概算はＢ1階施工床面積×ＲＣ造坪単価×2.0(地階の割増分、今回は半分として1.5)が適当です。

・以上の事より、今回の計画は、地上3階地下1階の4階建ての混構造(ＲＣ造+木造)となります。
　また、準防火地域ですので、準耐火建築物同等以上の建築物としなければなりません。よって、木造の概算算定したものは金額に1.36倍すると適当です。

・まとめますと、
　3階：施工床面積(屋上バルコニー部分も含む)×木造坪単価×1.36
　2階：施工床面積(バルコニー等も含む)×木造坪単価×1.36
　1階：施工床面積×木造坪単価×1.5×1.36
　高床部分：（１階施工床面積－地下施工床面積）×ＲＣ造坪単価×0.5
　Ｂ1階：施工床面積×ＲＣ造坪単価×2.0(今回1.5)　となります。

以上が、中略の部分になります。