間取りのアドバイスをお願いします

キッチン周りをぐるり回れるように壁から離して設置する方法があるかと思います。出入り口は1つで済みます。
ただしその場合、レンジ周りはガラスなどを立ち上げる等、工夫が必要です。ここは、女性のキッチンの使い勝手で大事な場所です。参考程度に。
現在のプランは、とても使い勝手がよさそうです。1マスは、あまり気にしなくていいのではないでしょうか。

クローゼットと階段を水平にひっくり返すことです。
クローゼットは和室とリビングからつかえるが便利です。

キッチンをアイランドにすれば扉はLDKの扉は１か所で済みますし、キッチンとダイニングテーブルをつなげて配置すれば配膳動線が極めて楽にはなります。
残り時間がないとのことでこういった案がいいかと思います。
ですが、方位や南側にぴったりと２階建てが建つことを考えると、
カーポートの屋根などをなくせば、西側の玄関やトイレが一番日当たりのいいスペースになると思われ、パッシブ設計の観点からすると全く違うプランの方が省エネで冬季の晴天時は暖房いらずの住まいになるのではと考えてしまいます。
余計なお世話ですが…。

取り急ぎ応急処置を記します。
①キッチンを南東の庭部分に移動。
②庭は西側に移動してガレージとつなげる。
③ダイニングはキッチンと和室の間に移動。
④リビングは今のキッチンの部分に移動。
⑤階段前の廊下はリビングと一体にし、玄関の正面に扉を設置。
⑥吹抜けはリビングの上に設定。
⑦吹き抜けと階段が一体になって、広々とした空間になります。
⑧吹き抜けの天井に天井扇を設置して冬期の暖気を循環させる。
⑨吹き抜けによりLDKと2階の洋室に関係性ができて、家族の気配の分かる家になります。
以上、参考にしていただければと思います。
ただし要望を伝えて返事のないハウスメーカーで成功するかどうかが、一番の問題だと思います。

南側のキッチンが鬼門というのは、昔の話です。
南側の暖かいところにキッチンがあれば、食材が腐るからというのが理由ですが、今は冷蔵庫がありますよね。
浴槽は浴室の真ん中に置きなさい、という家相もあります。
昔の浴槽は木製なので、腐ることを考慮し、浴槽のまわりを空けておきましょうということですが、温泉の大浴場でもなければ見かけませんね。
もっと自由に考えましょう。

トイレと2階洋室の壁が、微妙にズレているのが気になります。
構造的に弱いし、金がかかるし、雨漏りもしそうです。

階段とWICも苦しいですよね。
もう一度プランを壊し、考え直した方がいいと思います。

案を要求しているのに、案を出さない。
にもかかわらず、平面の決定を急がせる。
どうしようもない会社ですね。
キチンとした設計事務所に、依頼した方がいいと思いますよ。