二年間放置された新築戸建て

それは大変でしたね。そうした経緯からご自身でチェックしても不安はぬぐい切れないかもしれない、、不安を抱えながら新生活を送りたくない、、とお思いでしたら、それなりの費用はかかってしましますが、住宅診断（ホームインスペクション）を依頼して床下、屋根裏の中までしっかりと調査のプロである建築士に確認してもらってはいかがでしょうか。しっかりしたインスペクターであれば、第三者の立場から引渡しの手助けをしてくれるはずです。気持ちよく入居できると良いですね。

換気扇だけは回しておいてください。気密性が高いのですぐにカビが生えてしまいます…。

施主検査の時は、給排水設備は試運転済みだと思います。
とすれぼ、通水などしているのはずなので、各排水管のトラップの封水が切れていると思います。
排水口がテープなどされていないなら、下水のガスが侵入したり、下水から虫などが入っている可能性があります。
窓を開けて換気し、業者に消毒やクリーニングを依頼する必要があるかもです。
エコキュートは試運転の時水を貯めるので、水抜きしていないなら、一度水抜きする必要があります。
寒気で凍って管が破損し水漏れが生じている可能性もあります。エコキュートは長期で留守にする場合、水抜きをするようにマニュアルに記載があるはずです。
とはいえ、工務店も必要以上にトラブルを増やしたくないはずですから、引き渡し前に一通り確認や試運転はしていると思いますし、何か不具合があれば見つけて直しているでしょう。
ひとまず住んでみない事には分からない事もありそうですね。

裁判までされたなら第三者機関入れて記録を残してされて下さい。後々の問題起きる事防ぐノウハウは専門家である第三者機関にサイドお確かめをして下さい。建築家は裁判沙汰になっても勝てるだけの法知識は通常待ち合わせしていません。私は地方裁判所で弁護士の知恵袋と仕事してましたが稀なケースです。　

初めまして、アーキネットデザインLLC代表の市川均と申します。裁判は結審したのでしょう。
ご質問の内容から引き渡しはされずに裁判ということのようですので、結審前であれば、引き渡し条件を請求した方が良いですね。要は、契約した内容にあった状態の家で引き渡しを受けるということです。当たり前のことなのですが、結露や動作不良があってはならないですし、メーカー保証なども、然るべき引き渡し時の品質確認をきちんと求めることが大切です。
アーキネットデザイン合同会社代表
早稲田大学建築学科非常勤講師　市川均