三方を囲まれた土地：三階建てOR中庭か

はじめてご相談させていただきます。近い将来の建て替えを検討中です。（現在専門用語もよくわかりませんが、これから地道に勉強します！）初心者ゆえ的を得ない質問に聞こえるかもしれませんが、お付き合いいただけると幸いです。土地は親より相続した５０坪家は築２５年になります。北・東・南（隣家の庭に面しています）を囲まれ、西側で幅４Mの私道に２M間口で接しています。建蔽率６０％容積２００％（準工業）でお向かいさん２軒は３階建です。現在の家は建坪３７坪２階建てです。さて、この場所に、３階建て建設を検討しています。住宅密集乳なゆえ、なるべく隣家と距離を取りたく、横に広げるよりも、縦に伸ばすほうが良いのではと考えています。１階は日当たりがあまり良くないので、事務所として使う事も検討しています。現在気になる点は、現在の２階の寝室（南向き）のバルコニー正面は、２軒先のお宅の北側に面し、そこには小さいですがトイレの窓があり、窓際に置かれたトイレットペーパーが見えます。今後２階にリビングを２階に移しても、隣家のトイレ窓が見えるのは不快です。かといって３階にリビングキッチンというのはありなのか。
このような囲まれた土地なので、いっそのこと中庭を設け、人目を気にしない造りもあるのかとも思います。３階建ての場合エレベーター設置も考え、屋上も欲しいです。２階南側の視界をコントロールする少し高めの塀をバルコニーに付けるのも一案なのか。都内、３方向を囲まれた土地の有効活用の御知恵を拝借出来たら幸いです。長々書きましたことお許しを。
補足：夫婦二人＋犬１頭　プライバシー重視、十分な採光、出来るだけ自然を感じられる家