間取りどちらが良いですか

こう様、こんにちは。
構造的には1枚目も2枚目もセットバック・オーバーハングと盛りだくさんで、余り良いとは言えませんね。　枠組み壁構造と考えると自由にし過ぎていると思います。　耐震等級は1でしょうか？　2以上を取得とするのであればしっかり構造計画し、計算して成り立つようにする事をお勧めします。
個人的には手書きの方がこう様がお好きなように思います。
マイホーム計画、楽しんでください！

おぎの設計室の荻野と申します。
使い勝手の観点からコメントさせていただきます。

【小上がりスペースについて】
「小上がり」をどのように活用したいかによって評価は分かれるかと思いますが、1枚目のプランでは階段とキッチン前の壁によって隔てられており、たとえ透け感のある階段であっても、やや孤立感・行き止まり感が出そうに思います。
「こもる」ための空間として計画されているのであれば1枚目でもよいのですが、2枚目のほうが、小上がりとリビング・キッチンとのつながりが感じられ、日常的には使いやすいのではないでしょうか。

現在の小上がりの位置は、家の中心にあります。1枚目の階段位置をベースにするのであれば、思い切ってこの小上がりを別の場所に移し、家事・水まわり・収納エリアに充てることで、1階全体の距離感が縮まり、より家事動線がコンパクトな構成も考えられそうです。

【キッチンのレイアウトについて】
キッチンまわりの広さはどちらのプランも十分に確保されているため、「お好みで」という判断になるかと思います。
ただ、リビングまわりの収納が少ない点が気になりますので、1枚目のようにパントリーがキッチンを通らずに使える構成は、実用的です。

【吹き抜けの位置と採光について】
南側に吹き抜けを設けると大きな窓を確保でき、明るく開放的になる反面、夏場の日射対策が難しくなります。
可能であれば、2枚目のように2階の北側から光を取り入れるほうが、年間を通じて安定した明るさを確保しやすくなります。
1枚目のような南の吹き抜けに大きな窓を設ける場合は、夏だけでなく中間期にも日射が強く感じられることがあるため、注意が必要です。

【2階の動線について】
2枚目は2階の廊下が長く、主寝室が奥まった位置にあるため、日常の動線が重くなる印象を受けます。
特に2階のレイアウトについては、全体的（構造面でも）に整理をする必要があるように感じました。

2つのプランを使い勝手の面で単純に比較・選択するのは難しいところです。
それぞれの「気に入っている部分」と「気になる部分」を整理していくのが施主の役割であり、設計者はそれを汲み取り、かたちにまとめていく役割を担っていると思います。
双方、根気のいる作業になりますが、がんばってください。