狭小住宅LDK及び居室の間取りについて

回答します。
かなり要望を組み込んだプランということで、あまり修正の余地がないと判断して回答します。
（質問１）母屋下りの影響を最小限にするように組み替えること
(回答）部屋の広さを優先して、吹き抜けを諦めることがよろしいかと思います。機能性を取るか、快適性を取るかの判断です。
（質問2）トイレがダイニングに近くならず、FCLを通らず脱衣室〜浴室に行けるようにしたいです。
（回答）FCLの位置がそもそも疑問です。水回りに挟まれた大変湿気が多い場所に設けることは問題ではないでしょうか。また、浴室と洗面台は連携使用が多いと思いますが遠いのではないでしょうか。
トイレ（洗面）とFCLの位置を入れ替え、階段の最上部の回り段部分を水平にし、階段側からFCLに入れるようにされてはいかがでしょうか。その場合階段の段数を確保するために１階に影響が出ます。１階のプランを変えることになりますが、建築の場合このような小さな修正がプラン全体に影響を及ぼします。したがってこれ以上のアドバイスは設計自体を行うレベルとなります。
現在の設計士さんも住宅設計のプロと思いますので、とよく相談の上ご検討されることをお勧めします。

こんにちは、もう解決しましたか？
母屋下がりは、厳しい北側斜線や高度斜線から逃れる手法で、その中で何とかプランニングされてる様子が伺えます。

基本的に斜線逃れるためには高さを低く抑える事で、今回なら1階天井高さを例えば2250とか、全体階高を低め低めにすると良いのですが、ドア高さなど様々な配慮が必要になってきます。

母屋下がりの部分は、天井が下がってきたり斜め天井になるので、収納や吹抜けにして居室でもベッドの足元になるようにしたりします。
今回は一番広く取れる部分を2階からの吹抜けにしているのはちょっと勿体ないですね。
どうしても吹抜けにして2階への明るさが欲しい場合は母屋下りのエリア=キッチンの上部が吹抜けになるように思われます。
もしくは2階屋根に天窓を設けるなどが対応策になりそうです。
実際はリビングの3連窓は道路に面しているので、下までのロングの窓(FIX+たてすべり)にすると、明るさは確保出来そうですが… もしくは和室の窓を大きくするなど工夫されてはどうでしょうか？
吹抜けはこのお住まいにはちょっともったいないかも知れません。優先すべきは床面積を出来るだけ確保する事のように思います。

トイレと洗面台とファミクロについては、
洗濯機とトイレの間に洗面台を入れて洗面台のDK側を出入り口として、トイレ付近にL型にオープン棚を設けて収納エリアとするのはどうでしょうか？　どの程度の収納や洗濯物干しを希望されてるのかわかりませんが、今のプランだと収納物が湿気るような気がします。
洗面台上部に換気用に窓を設けておくと、2階の風通しも良くなりそうです。

良い住まいになりますように。