総二階にリフォームを考えています。

　初めまして。

　現在、43坪程の家（建坪率60% ／容積率100%）の実家に間借りしています。現在実家に暮らしているのは母と本人だけです。
　母とはあまり仲が良くなく、完全別離型の二世帯にリフォームすることになりました。

　場所は、持ち家。北東・南東が道路、南西が川、北西のみ隣家に隣接していて、北西ぎりぎりに家を建てています。
　現在、南東の中心に玄関、入って左手に８畳リビング、６畳キッチン
　4.5畳ほどの浴室と洗面。右手に６畳和室２間続きとトイレ
　二階四畳半の洋室２部屋・８畳の和室一部屋、飛び出した形で15畳ほどの元・事務所（中でつながっています／現在、本人はここに仮住まい。あとは母のエリア）なのですが、
　現在南東に玄関があるのですが、完全別離型が理想でして、玄関、駐車スペースをひとつ北東の方に設置したいと思っています。
　となると、６畳和室（床の間つき）を一つ減築し（以前はこちらが駐車場で、増築しました）総二階にリフォームして、２階を本人エリア、１階を母エリアとしたいと思っています。
　また、２階部分は好きにしていいと言われましたが、１階のエリア分は確保して欲しいといわれました。減築するならまた１階に増築（もしくは２階部分に母のエリアを一室）作る事になりそうです。
　（減築に関しては、玄関を別にするなら、必要だと納得してくれています）

　リフォームの本体価格だけに（引っ越し費用や登録費用などを含まず）内税として予算1000万。
　はたしてこの予算で収まるものでしょうか？
　S58年に着工しているのですが、クラックがあったりしていて、耐震補強なども考えています。

　いろいろネットを検索してみましたが、想像がつきません。
　また、質問に不備などがありましたらご指摘ください。