賃貸併用二世帯住宅

豊島区で賃貸併用二世帯住宅を考えております。

土地は両親が所有している土地があり
土地面積約115㎡で間口約10ｍの整形地、第一種中高層住居専用地域、建ペイ率60％・容積率300％・第三種高度地区・準防火地域、
西側5.4ｍ道路になります。

1階は両親の居住スペース（2LDK）2階と3階にワンルームの賃貸で
同じ2階・3階にメゾネットタイプの私達の居住スペース（3LDK）の
完全分離の賃貸併用2世帯をイメージしております。

建築面積約68㎡、述床面積200㎡ぐらい予算4000万～4500万で
考えております。
先日、大手ハウスメーカーでプランを入れてもらったのですが、
共同住宅での申請だと避難経路で空地をとらないといけなく、建物のボリュームがとれないので長屋申請になるとこと。
ただ長屋申請だと全て1階に玄関がないといけないそうなので
私達が考えている外階段で2階・3階の賃貸と2階玄関のメゾネットタイプはできないとのことでした。

何か良いアイディアや方法はないものでしょうか？