はじめまして、アーキネットデザインの市川均と申します。
私は医院建築を数多く設計させていておりますので、是非HPをご覧いただければ幸いです。
そこで、ご質問の件ですが、これは入院施設はないという事でよろしいですね。そうであれば、建築基準法と保健所については特に問題はないと思います。後は、都市計画法で定めた区域(市街化区域か市街化調整区域か)によりますので、今後の手続きなどの確認が必要です。
また、工場跡地に関しては、どのような工場であったかはご存知なのでしょうか。業種によっては土壌調査をした方が良いですね。
最後に、内科、小児科ということですが、今、内科(循環器)と小児科をそれぞれ設計中ですが、最近の小児科は感染症に対する意識や、予約対応の善し悪しなど、患者さんと言うより保護者の意識が高いので、それに対する対応が重要になりますね。もちろんある程度小児科を診る場合ですが、以前、内科小児科を設計した際は、受付は共通で待合、診察室は分けました。小児科の場合付き添いも多いので。いずれにしても、最近の診療所は競争が激しいので、患者さんのアメニティと医院側の合理的診察をきちんと設計しないといけないと思います。
写真は郊外の整形外科なので少し大きいです。