総額２５００万円　

難しいと思います。

消費税と除くと2250万として
設計料・地盤調査費などを引くと2000万程度となります。

目安として坪80～100万ですが、
耐震等級や気密性もそれなりの仕様をご希望ですので
坪100万かそれ以上を想定された方がよさそうです。
30坪だと、最低でも3000万はかかりますので、
予算や規模の見直しが必要と思います。

はじめまして、アーキネットデザインLLC代表の市川均と申します。２LDKをご希望されている事から推察し家族２名とした場合でお答えします。ご要望のうち、３０坪と耐震等級３の２つの条件だけ外せば、家族２名でゆったり暮らせる、地震等の災害に備え安全で安心で、丈夫で長持ちする家を総額２５００万円で造る事は可能です。弊社が企画し提案するシンプルな木の家『１、５階建て住宅』は現在24棟目が工事中ですが、是非参考にして下さい。興味をお持ちいただけましたらご質問で構いませんのでお問い合わせください。
https://www.archi-netdesign-llc-kikaku.com/

和風を望まれていらっしゃるので、和風好きとして、コメントさせていただきます。

総予算2,500万を割り振ると
　本体工事2,040万（30坪ｘ68万/坪）　　　　　　　
　設計費　　200万
　予備費　　 30万（登記、取得税などは含まない）
　消費税　 227万　

上記のような内訳になります。耐震等級3、トイレ2か所などは、金額が上がる要素です。かなり、厳しいような気がします。坪数は、抑えることはできますか？
水道、ガスなどは、敷地内にありますか？
自然素材、和風は、どのようなものをイメージされていらっしゃるかわからないのですが、坪単価で、できれば最低85万～90万、総予算3,100万程度は必要だと思います。
和風を望まれていらっしゃるのであれば、是非、質の良い住まいを建てていただきたいと思います。

初めまして、コメントを拝見しました。お力になれればと思います。
総工事費は建築工事費に諸費用分（付帯工事・雑費・設計監理料・消費税等）約３０％を加算する必要がありますね。
工事費坪単価７０万円（標準仕様）としますと、３０坪で２１００万円、それに３０％加算しますと約２７００万円となりますが、これが最低ラインかと思います。
弊社サービスの一環としまして、基本調査・ボリューム検討をお受けしていますので、宜しければご利用ください。その後、お気に召されましたらご依頼いただければと思います。
また、別敷地をご検討の際には、お声掛けいただけましたら同様のサービスを提供させていただきます。後悔の無いよう、土地選びから建築家に相談されるのをお薦めします。
（株）青海建築研究所　せいがい
URL http://arcseigai.com

弊社　ドライウォールと無垢材家　でしたら可能かと思います。室内は全て無垢材。室内壁は、北米の家と同じドライウォールの水性ペイント仕上げとなっております。
よろしければ、ホームページご覧頂ければ幸いです。
https://hti-hero.com/

先ずは二階でも地盤にお金かかるか見え無いお金の出があるか調べましょう。事業計画はその後に始めましょう。耐震等級は古い価値観で役に立ちません。時代遅れの基準です。等級が高ければ安全では無いことを知りましょう。耐大災害特殊設計のレポート読むと理解ができます。先ずは現場ご住所お知らせいただければ近隣地盤調査から地盤改良費の概算を出してあげます。他の方にもしていますのでとくべつなことではありません。災害に強い街つくりボランティア活動の一端です。気が向きましたらどうぞ。