間取り

玄関が左右に2分割される原因となっています。北東への移動はいかがでしょうか？南面全て日当たり通風がより良いと思われますが如何でしょうか？

この和室は、ほとんど使わない和室になってしまいそうです。和室の隣にリビング、リビングの北側にキッチン、キッチンの東側にダイニングが良さそうです。その結、玄関はダイニングの北側になります。駐車場はできるだけ北側に移動し、リビングの東は少しでも庭にしてはどうでしょうか？

２枚目の要望プランを見ると和室のWICの要望は無いようなので、和室収納はY5-Y6の通常の押入れ形態で良いのでしょうか。
そうであれば、現在の3帖洋室をY6-Y9間の4.5帖にすればどうでしょうか。入り口はX4通り上にあれば使い勝手も良いでしょう。玄関回りは収納が必要ですので、階段下収納を南から使用出来るようにするのも一案かと思います。そうなると和室の入り口が窮屈です。Y5通りの入口で良いと思いますし、板の間と玄関の間の壁も（構造壁でなければ）無い方がスッキリしますよね。格子くらいは合った方が良いかとは思いますが。
全体的には、和室が南へ迫り出しているので午後からのLDKの陽当たりは良くないです。和室も隣地に近いので、南の陽射しは期待できません。1階で南の陽射しを期待するなら4mは隣地境界より離したい所です。北や東に多少余裕もあることなので、長方形プランが良いのかなと思いました。
以上、ご参考になればと思います。