二階建て費用について

計画内容を見ずにその価格が適正か、判断はできませんよ。

設計事務所に頼むとして、設計料がほぼタダになっている感じなので高くはないと思いますが。
安いものにはそれなりの理由があります。
気持ちよくお支払いして、しっかりいいものを作ってもらった方が良いと思いますよ。
参考にしてください。

値引きをされるとお得と考える方がいますが、そもそも注文住宅を1棟建てて得られる粗利益のパーセンテージはハウスメーカーも小さい工務店もさほど変わりません。

3990万を3700万にするということは、約7％のコストカットになります。そもそもハウスメーカーは自社の利益を確保した上で下請けに発注しますので、根拠のない値引きは引き受ける下請けが限られてきますし、金額にあった時間で作業を終わらせるために施工精度が下がることもございます。

参考になりましたら幸いでございます。

その見積書には見積詳細書は付いているのですか？仮設工事なら足場〇〇㎡とか内装工事ならク□△クロス〇〇㎡とか事細かな詳細書です。付いていればそんなに大きな値引きなんて出来ないものです。どんぶり勘定の場合、値引き交渉になります。向こうも詳細を隠して吹っかけてきている訳ですから。
95㎡と小屋裏6畳ならほぼ30坪計算ですね。(3990-200)÷1.1＝3445 3445÷30=114 軽量鉄骨だと平均100万円くらいじゃないですか？ウッドショックですから多少値上がりしていますが＋5%くらいだと思います。設計事務所に依頼していると建築家が見積査定をするのですが、個人対ハウスメーカーなどですと見積査定ではなく値引き交渉になっちゃいますね。向こうも利益率などがありますからこれ以上値引きを迫ると関係にヒビが入るものかと思われます。程々にされるのが良いと思います。

建物が軽量鉄骨28.7坪、建物価格が消費税、解体別で3427万円とすると、単純な坪単価は119万円となります。ウッドショックに便乗？しているのでしょう。建物仕様が余程高いのでしょうか。軽量鉄骨としては随分と高いと思います。今更かもしれないですが（まだ間に合います）、金額の妥当性が解らないまま値切るのではなく、きちんと設計して、きちんと金額の明細を見て、自分の家の価格は自分で決められた方が良いと思います。維持管理する際にも、詳細な設計図と詳細な見積書があると劇的にコストを抑えられ、さらに安全安心ですよ。ご検討ください。
アーキネットデザインLLC代表市川均

軽量鉄骨二階建て、で考えるとかなりこうがです。消費税込み3000万円弱が適正価格です！！

もう一社見積り取得して比較したほうがいいですよ。

他社相見積をとる事です。充分できます。