狭小地にインナーガレージ付き新築一戸建て

兵庫県南西部にて新築一戸建てを計画している者です。
現在土地は本契約済み、家をどこの会社でどう建てるか悩みに悩んで楽しい時期を通り越して疲れてきている段階です。この3ヶ月でローコストメーカーから大手メーカーまで9社ほどプランニングして頂いて、その内4社は見積りまで出して頂きました。

その中の1社で工事請負契約締結まで進みましたが、今になって前提条件として出していた長期優良住宅認定が取れないかもと連絡が来ました。（調整してみるとは言っていましたが・・）

そこは軽量鉄骨造のメーカーです。
ユニット数の問題（ユニットが縦に並ぶ形で5.5個以上は会社で認定が取れてないとのこと）で5ユニットにしたプランを出してくれて、これで認定が取れるとのことでした。

しかし1フロアの長期優良住宅の平米数条件（40平米）がクリア出来てないことに今気付いたと連絡が来ました。具体的に言うと、プラン上は40平米以上になっていたが階段も平米数に含めて考えていたとのことでした。

そこでアドバイスをお願いしたいのは、これから下記にまとめる僕の希望条件はこの土地で難題なのかどうかと、このメーカーで進めていいのかどうかです。正直担当者にちょっと不信感を抱きはじめています。
ただこの希望条件を唯一全て叶えてくれたのが、このメーカーの2階建てプランだったのですが・・・。

【土地概要】
・75平米
・近接商業地域
・準防火地域指定
・間口約4.5m×奥行約16.5m（接道北側）
・価格約1000万
・地盤は良さげ（支持層に比較的すぐ届くとの事。近接土地の6地点ほど地盤調査資料見ました。正式な地盤調査はまだです）

【家の希望条件】
・長期優良住宅認定取得
・インナーガレージ（法律上可能なら電動シャッター付き）※車の保管と防犯の為
・ソーラーパネル設置
・蓄電池設置
・屋根は有り、無しどちらでも可
・3階建てが第一希望、2階建ても可
・3LDK以上
・予算3000万まで（土地、諸費用含めて4000万まで）
・2階建ての場合
:2階に同居する母の動線をまとめたい（母　　の部屋、LDK、トイレ、風呂、洗面所、バルコニー）1階に自分の部屋＋小部屋＋インナーガレージ

・3階建ての場合
:3階に自分の部屋＋もう1部屋、2階にLDK、トイレ、風呂、洗面所、バルコニー、1階に母の部屋＋インナーガレージ

以上です。

つたない文章で申し訳無いのですが、その他にもアドバイス有りましたらどうぞよろしくお願い致します。