yoshiさん
お疲れ様です。
プランへの回答は本業の範囲ですので、全てに回答する事は出来ませんが、トイレ扉に関してだけアドバイスさせて頂きます。
私でしたら、
・トイレを90°反時計回りに回転。
・後ろ半分を階段下に入れる。→トイレ前に廊下の膨らみが出来、扉に軌跡が当たる心配は無くなります。
更に
・階段下収納の奥行きを少し減らす。（深い収納は概して使い辛いです）
・トイレの幅をその分広くし、内部に、奥行きの浅い洗面カウンターを設置すれば、ゆったりしたトイレになります。
と言う検討をすると思います。
※階段下の高さを、断面的に要検討ですが、8段目ですので、問題無いかと思いますし、
奥行きを455mm縮めて天井高さを稼ぐ方法も有りだと思います。（結果的に正方形に近いトイレになります）
＞また他の部分の間取りや窓の位置なども問題無いか・・・
に関しましては、問題点のご指摘までを下記に記載致します。
ご興味をお持ちになり一報下されば、有料にてご回答致します。
・シュウズクロークが中途半端なスペースのため、ほとんどが導線スペースになっています。
玄関や和室収納との関係を含めて、再考される事をお勧めします。
・キッチンから洗濯機が置いてある洗面所への導線が、真裏であるにも関わらず、遠回りして、しかも扉を2枚開閉しなければならない状態は、日々の労働導線としては、あまり良いとは思えません。
・2階の各個室への出入り口が、畳一帖の中に3枚面しているのは、随分と窮屈だと思います。
滅多にありませんが、3人が同時に出入りした時の事を想像してみて下さい。
・2階トイレのスペースが勿体無いのと、レイアウト次第で個室から有効に使えるスペースになると思います。
最後に、このプランはハウスメーカーさんの住宅では、常套手段の様によく見るタイプです。
このタイプの問題点として私が認識していますのは、「リビングソファーの配置」です。
一度ソファー回りで、リビング扉から入って「和室」「キッチン」「ダイニング」への導線部分（歩くために必要なスペース）を、塗りつぶしてみて下さい。
ソファーの配置は、ほぼここしか無く、落ち着かないソファー（リビング）になる事に気づかれると思います。
この問題の解決策は、小手先の改良では解決不可能です。
再度、敷地条件を見直して、根本的なプラン変更を行う必要があると思います。
そんなところです。
ハウスメーカーの設計の方と、最後まで諦めずに相談してみて下さい。
「我が家」は、ハウスメーカーさんのために建てるでは無いのですから。
後悔しない我が家になる様、どうぞ頑張って下さい。
