どちらの土地が良いのでしょうか？

バンビ　様
ＳＳＤ建築士事務所の瀬古と申します。
土地探しは色々と悩むことも多いかと思いますが、ご自身の計画に沿って優先順位をつけ整理しながら御判断されることをお勧めいたします。
また、現地を確認できない状態でアドバイスするには限界があり、ご参考にして頂けるようなコメントが出来かねますが、その点についてはご容赦願います。
1つ目について
工務店さんが勧めているということで、付帯工事についてのコストが把握できている点は良い点だと思いますが、バンビ様が気に入られてないのであれば選択肢としては無しだと思います。
2つ目について
駅まで7分の立地がバンビ様の生活にとってどれほど重要か承知しておりませんが、多分もっと良い土地が見つかれば例えば駅から17分でも魅力を感じられるのではないでしょうか？
線路沿いは一般的には低評価になると考えますが、列車の往来本数などもバンビ様が現地に立って生活をイメージしながら「問題なし」と判断されたのであれば計画として適地として良いのではないでしょうか？
メリットとしては方角や卓越風（季節によって吹く風の向き）によっても多少変わりますが、線路敷きは建築物が建たない部分であり、線路敷が広ければ広いほど開放感がある計画にできる可能性があります。（列車からの視線もありますが）
要は依頼される予定の工務店さんで付帯工事のコストが把握できていない部分が問題かと思いますので、工務店さんにお願いして見積もりを出して頂き、その上で決められるのが良いかと考えます。
軌道敷地内に近接しているのであれば、施工上、鉄道会社と協議する必要も出てきますし、そのために安全管理上のコストが増すことは考えられます。
ただ、それは施工側で処理していくことですのでバンビ様が気になさることではないとも言えます。
信頼できる工務店であれば、お考えをストレートに伝えて頂いたら答えてくれるはずだと考えます。
それでは、良い住まいづくりに向け頑張ってくださいね。