土地の一部が防火地域の場合

前略
間仕切り壁を少なくですね。
先ずは鉄骨で柱と梁のフレームに依る工法が一般的ですが、木造でも認定ものですが、出来るようになったので、検討の価値はあると思います。もちろん壁式でも許容される範囲で計算することはできるかも知れません。具体的に間取りを決め簡易的にも計算すると良いです。
価格についても壁式の在来が良いと思います。
鶴崎より

防火地域の制限が複数にまたがる場合、建物は厳しい方の規制を受けます。
従って、３階建の場合は耐火構造とする必要があります。

各フロアをワンルームとする方法ですが、内部に柱もない状態を作る場合は木造でも出来なくはないですが、鉄骨もしくはRCとするのがベターだと思います。
地盤、近隣、接道など敷地状況を踏まえ、予算に抑えるよう構造形式を決定することになります。
必要とする面積、その他の要望にもよりますが3500万円の予算は不可能な数字では無いかと思います。

木造耐火の場合のデザインの制約についてですが、そのデザインが仕上げ材のことを指す場合はあまり制約は無いと考えてもよろしいかと思います。
建物の形、構造体のことを指す場合はある程度の制約はあります。

kurumiさん
建築士の寺澤と申します

防火地域・準防火地域の境界線は都市計画課で用途境の確認をすれば確定できます。
防火の規制はひとつの土地全部が厳しいほうの防火地位にの扱いになります。

ただし、境界線を越えた準防火地域側で建物を耐火区画すると残り部分を
準防火地域の規制として建てることが可能です。

26坪の土地でそこまでして構造を分けるのは、間取りが不自由になりますし
工事費のメリットも少なく、状況によってはコストアップになるのでやらないです。

この土地で3階建てなら木造耐火でプランをします。
木造耐火でデザインの制約はないと思っていただいて構いません。

kurumiさんの希望するデザインを教えて頂ければ
どのように可能かアドバイスできます。

それより建築費用から使える素材・工法が決まってきます
デザインの制約も建築費の影響のほうが大きいです。

建築費用ですが土地の地盤が気になります。
軟弱地盤だと予算をオーバーしますね。
地盤が良くてもご希望面積が大きいと超えそうです。

一級建築士事務所　匠拓：寺澤　秀忠
WEB： http://www.syotaku.jp/