都内３階戸建て【SE工法】見積もりが1000万以上予算オーバー

東京23区内22坪の土地に3階建ての木造戸建てを建て替え予定です。

3.3m×3.3mほどの吹き抜けや屋上などを盛り込んだ
希望の間取りを建築士に伝えたら、やや高価にはなるがSE工法なら
ほとんど希望通りにできると言われ、計画を進めてきました。

当初は東京の戸建ての平均坪単価60万前後を参考に予算を考えていましたが、
SE工法で調べると坪単価は在来工法より5～7万ほど高いとあったので、
坪単価70万くらいまでなら出そうと頭を切り替えました。

希望の間取りが完成し、申請上の延べ床面積は104㎡だが、
工事する施工床面積は駐車場や屋上も合わせて132㎡（約40坪）と聞き、
40坪×70万＝2800万前後…それでも当初より高いなぁと
覚悟して待っていました。

ところが先日、4300万円の見積もりが出てきて驚きました。
しかもこれは建築士さんの方で数百万削ってくれての数字です。
※もちろん建築士さんには初っ端にこちらの予算は伝えています。

確かにお風呂とキッチンは大手メーカーなので高価なものを希望しました。
でも合わせても平均価格より200万高い程度でそれを差しい引いても
かなりお高めの見積もりに見えて仕方がありません。

それ以外は、無垢材や珪藻土などへのこだわりはありません。
耐震性や高気密高断熱性も通常レベルです。
開放感を重視しているので部屋数や壁も少なく
（それを可能にするためSE工法とのことです）、
窓もデザイン等にはこだわらず普通の数です。

週末に建築士さんとご相談してきますが、
この段階で、専門家の皆さんから見て、何がここまでの予算オーバーを
もたらしていると予測できるかをお聞きしたいです。
カンタンな間取りは以下の通りですが、高価になる要素ありますか？

１階：玄関、風呂、トイレ、夫婦寝室
２階：キッチン、ファミリークローゼット、洗濯機、リビングダイニング
　　　※リビング上が吹き抜け、リビング内の階段から３階へ
３階：ファミリー書斎、子供二人の個室
屋上（ファミリー書斎から螺旋階段で）

相みつはとっていただこうと思っています。
その上でSEがなのだとしたら、我が家の身の丈には合わないので断念します。
そのことで間取りの変更等があるなら仕方ないですが、
在来工法で上記の間取りは難しいものでしょうか？

わかりづらくて申し訳ありませんが、
どうぞよろしくお願いします。