くぼ地・路線価について

注文戸建てで土地を探しており、ようやく良い条件の土地が見つかったと思い買い付けをしたのですが、調べていくうちに2点、懸念点が出てきました・・。
本契約の前に確認したく、ご相談させてください。（※添付の5号地を検討しています）

①窪地になっている点
検討している土地が、若干ですが窪地になっているようです。大雨のときに心配、というのはネット情報でみたのですが、このぐらいの範囲の窪地でもやはり心配したほうがよいでしょうか。

②路線価について
計算すると路線価は1,030万ほどになります（計算が合っていればですが）
ただ価格は1,599万でして、500万以上開きがある形になります。
これは適正価格ではないのでは、と不動産会社に申し立てをしていいものでしょうか？もしくは他の理由でこのような価格になっている可能性が高いのでしょうか。

ハウスメーカーの営業も、早く土地を決めさせたいようであまり客観的な意見をくれないな、という印象でして、皆様のお力をいただければ幸いです。ちなみに上記2点以外は、非常にいい土地だと思っています。
よろしくお願いいたします。