狭小完全分離二世帯住宅についてです。

今現在主人と私で賃貸で住んでいるのですが
母が一人なので、完全分離の二世帯を建てて
一緒に住みたいといってきました。
今住んでいる家の近くの土地を探したのですが
手が出るのは１５坪程度の土地ばかりでした。
今現在気になっている土地があり
そこは１７坪なのですが
奥に入る感じになっているので実際は
１５坪程度しかないとおもわれます。
建蔽率は６０％で、容積率は２００％、第一種住居地域です。

母の希望としては
完全分離で玄関を１階に二つ設け
寝室は狭くても良いからとにかく寝る部屋と人を呼べる
部屋の二つは最低欲しいそうです。
もちろん、お風呂とトイレ、キッチンもあってのことです。
私たち夫婦の希望は特にそこまでないのですが
リビングのほかに将来子供ができたら子供部屋が欲しいので
二部屋欲しいと思っています。
狭いためベランダを作らず屋上にベランダをつくり
そこでお花を育てたりしたいと思っています。

母の希望を叶えるためには
地下を利用したらどうかと考えたのですが
心配症で大雨が降ったら怖いとずっと言っています。
地下にお風呂だけつくるということも可能なのでしょうか？
地下室をつくるのはかなり高くなると聞き
それも不安に思っています。
最近地震も多いですし
耐震性の強い建物で３階建てを建てたいと思っているのですが
かならずしも鉄筋でなくても大丈夫なのでしょうか？
まだはっきりと家をいつまでに建てる！見たいな事が
決まっているわけではないので曖昧な質問ばかりになりますが
建てれることが可能であれば
その方向で母と話し合って決めていきたいと思っています。
予算は２０００万以内で済ませたいとおもっているのですが
やはりどこかを妥協しないとならないでしょうか？