これは契約ということになります。
設計図面には設備設計の図面がありますが、ここに記載されていないでしょうか?
無い場合はその取り扱いを両者で事前に話し合って決めなければなりません。
工務店がそのように話しているのならば、契約に穴あけとその処理は含まれていなかったのでしょう。本来は工務店というより建築士が設計をしているのですから、その部分では建築士は事前に説明することが大切です。
やり方としては穴あけとAC取付け込み、AC別途で穴あけのみ施工、ACも穴あけも別途とありますので、そのいずれかを選択することになりますが、それらの選択肢の説明が無かったことが今回の問題ですね。
違う視点でいうと穴あけを事前にあけておくことは分譲マンションにみられることですが、これは後で穴あけおすると構造としての問題も多少ありますし、穴あけに苦労します。
木造は穴あけはそれほど難しい作業ではないので、電気店でもできますが、構造的にあけられない位置もありますので、やはり事前に設計者に確認する必要があります。
これらは取り決めなのでよく話し合ってください。