地中障害物の撤去方法と費用について

ご質問の撤去費用については、簡単に出せません。敷地の状況に拠ります。通常、基礎は撤去するにしても、杭はそのままで設計することも多いと思います。杭まで撤去するのは、大変な工事になります。新しいプランの基礎との位置関係検討し、重ならないようにして新しい杭を施工します。
何れにしても、こういったことを建築主が心配されることがおかしくて、普通は設計者が撤去しない場合の費用と撤去した場合の費用を比較検討して、建築主に提示するものです。確かに、杭などを残したままでは設計に余分な労力が発生しますが、最終判断するのは建築主です。構造設計が変わりますので、確認申請のやり直しになる可能性があります。そうするとその期間と、設計にかかる費用も発生します。そういったことも含めて、建築主が最終決定することになります。