金属防水のスカイプロムナードの表面の保護について。

これまで数棟でスカイプロムナード（＋ウッドデッキ）を採用しています。
以下、私見になりますが、ご参考下さい。

まず、表面保護についてです。
直接の土足使用を想定されてのお話であれば別ですが、標準採用されている鋼板自体で屋上防水としての一定の性能は確保されているはずです。
特に、ウッドデッキなどを設置する場合は、表面保護は敢えて必要はないかと思います（ウッドデッキが表面保護を兼ねているという見方もできると思います）。
また、仔細は省きますが、FRPや塗膜防水などと異なり、鋼板によるオープンジョイント工法でもある為、トップコートについては、どこまで適性・有効性が確保できるかなどの懸念点もいくつか浮かびます。
いずれにせよ、防水保証なども絡む為、メーカーへご相談・確認されることをお奨めします（勝手判断で行った場合、万一の際に保証適用されなくなることもあり得ます）。

次に、ウッドデッキを設けた場合のスカイプロムナード表面の汚れについてです。
日曜大工で木屑を落とすなどがなく、一般的な日常使用される範囲あれば、屋根面の汚れとして許容できるレベルではないでしょうか。
ウッドデッキについては、使用材料にもよりますが、メンテナンスフリーでいけるものであれば、普段は気になった時に掃除する程度かと思います。
基本的には、排水口部分のウッドデッキを取り外せるようにしておき、定期的に確認してもらえば大丈夫でしょう。
排水口にゴミが溜まっていたり汚れが気になるようであれば掃除頂ければと思いますが、さほどゴミが溜まるということもないように思います。

尚、メンテナンスフリーのウッドデッキ材としては、人工木材やハードウッドと呼ばれる天然木（ウリン、イペなど）等が考えられます。
ハードウッドの場合、敷設から間もなく降雨でアクが抜け出て、屋上面にアク汚れが付着することがあり得ます（デッキ材の隙間が狭ければ気にはならないでしょう）。また、アク抜けとともにデッキ材の色味がグレーに変色していきます。
多少毛羽立ちを生じたり経年変化など受け止め方には個人差もある為、そうした面が気になるようであれば人工木材の方が無難かもしれません。