【賃貸併用住宅建築希望】一階1K　二階2LDK　の家を建築したい

東京都中野・新宿エリアに住んでいます。
最初は郊外で家（戸建て）を購入する事を検討していましたが、もし部屋に空きがあれば6年間学生の方が住むという確約があり｢賃貸併用住宅｣が視野に入りました。

通常は一階が大家さんというスタイルが多いと思いますが諸事情により一階を1K（風呂・トイレつき・6畳で15平米～くらい）、二階以上を大家の居室としたいと考えています。
漠然とした希望になるのですが、1階を1K、2階を2LDKS～3LDKにしたいと思っています。一番の希望は三階建ての住居にして、1階（1Kと物置やカースペース）、二階LDK、３階はルーフバルコニーもしくは屋上をつけるなどできればと考えています。
家主が絶対の条件としているのは【玄関を別にすること】です。生活スペースのまったく被らない住宅を作れれば、ルーフバルコニーなどは条件からさげることも出来ます。

諸費用こみで総額4600万までが家にかけられる全ての費用となりますので、都心ではかなり厳しいものと考えています。
リノベーションなどで対応できるのであれば、中古でまったくこだわりはありません。中野・練馬区や調布市のつつじヶ丘あたりで探しています。
やはり4500万で賃貸併用を考えるのは厳しいのでしょうか、もし情報量が足りなければ何を記入して質問すればお答えいただけるかも教えていただけると幸いです。

新築は土地の購入などもあるので、厳しいかもしれません。
例えば三階建ての家の一階を　1K（ユニットバス・ミニキッチン）を追加して玄関を別にするには幾らくらいの費用がかかるものなのでしょうか。
生活スペースさえ被らなければ一階と二階など階で分かれなくとも、自分たちの生活スペースと壁一枚を隔ててそういった部屋を作ることも問題ありません。
ただ出来れば、一階と二階にわかれて、二階には二階の玄関を、一階には一階の玄関をつけれれば嬉しいです。（一階を事務所にしている方の住宅に近いです）

漠然とした話になってしまいますが、賃貸併用住宅にかかる費用や、リフォーム費用など　アドバイスいただければ幸いです。