上下完全分離2世帯について

ハウスメーカーで上下完全分離で設計を依頼しているのですが、中で行き来出来るようにドアを付けないと、住宅ローンが下りないと言われています。
ハウスメーカーに分かりやすい理由を聞いても、素人に分かりやすい明確な答えを教えてくれません。

費用と広さの都合上、玄関2つは難しいようなので、建物自体の玄関が1つで、靴のまま階段を上がりそれぞれの階で鍵付きの玄関があり入るようにする事が現在の案です。
（建物に入る鍵付き玄関とそれぞれの世帯玄関に入る鍵付き玄関がそれぞれあります。階段は外階段ではありません。）

このような形でも、それぞれの階のどこか中で繋げないといけないのでしょうか？
もし難しい場合は他に良い設計等良い方法はありますか？
ハウスメーカーは出来ると言ったり、難しいかもと言ったり実際の所わかりません。