雨が心配です

瀬古と申します。仰られている床の材料は構造用合板の事でしょうか?
フローリングを貼る下地の28ミリ程度の物かと思いますが・・・
一条工務店さんの仕様を知りませんので、想像出来る範囲でお答えさせていただきますが、通常は建て方のときに2階の床下地合板も小屋組みの前に施工していくでしょう。
雨が予測できなかったのは管理不行き届きですし、天候の予測や現場養生も重要な管理の仕事です。
しかし、ぬらしてしまった物はしょうがありません。
構造用合板の接着剤は、耐水性のあるものがJAS規格によって使われています。
少しぬれたぐらいなら、完全に乾かせばさほど心配は無いでしょう。
担当者に、完全に乾かす対策(ジェットヒーター等)をとらせて、心配な部分の含水率測定に立ち会いましょう。
含水率が15%〜20%ならOKでしょう。
合板や木材の取り合いには、わずかな隙間があります。
毛細管現象で奥まで入った水分にも注意しましょう。
水分が高いうちに仕上げ施工(フロアー他)すると、不具合の原因になります。
「含水率計で測定し、立会い確認してください」とメーカー担当者にお願いしてください。
それで安心できるのではないでしょうか。

瀬古です。
少し分かりにくい表現でしたね、毛細管現象というと考え込んでしまうかもしれませんが、日常的にあちこちで見ることが出来るとおもいます。
例えば、バケツにたらしたタオルが水を吸い上げるとか、何かに張り付いたビニールシートの全面に水が回ってしまうとか、そんなことだと思います。
合板と木材の取り合いと書きましたが、要は小さな隙間に水はどんどん吸い込まれていくということです。
2階の剛床の構造用合板が濡れたという事は、それを受けている2階の床梁への浸透もあって然りです。
注意してくださいと書きましたので、気になさっているかもしれませんが、乾かす処置さえすれば問題ありません。
床の構造用合板と同じ対処法で良いのではないでしょうか。

reichan様がどういった周辺環境のところに建築されているのか分かりませんので、お答えし難い部分もあります。
また、お子様がどういった因果関係で、今の疾患を持たれたのか分かりませんし、建築する上で何が必要なのかも、非常に研究が必要なことなのかもしれません。
医者と建築士が共同で設計したら、満足のいくものが出来るかもしれませんが、reichan様はすでに大手メーカーさんで建てている最中です。
決断する際には、それなりの熟慮を重ねて決められているわけですし、高気密を必要とする立場なのかもしれません。
室内の環境を空調でコントロールするには、気密は必要ですし、カビを発生させない様にするには、空調で対処するのが簡単かと思います。(特に梅雨時の気密住宅においては)
私は、自然派でA、Cレスの設計(環境にもよるが)もしますが、reichan様の場合は少し事情が違うように感じました。

シックハウス関係のメーカー数値については、大手さんであれば、竣工時に化学物質の濃度測定をしていると思いますので、確認してください。

少し手厳しいお話になりますが、かわいい娘さんの健康が第一ということであれば、メーカーさんの言葉を鵜呑みにせずに、いろいろ勉強する必要はあると思います。

これから仕上げ工事に入っていくのでしょうが、クロスを左官仕上げ(漆喰・珪藻土等での調湿)に変更するとか、より良い仕様変更も可能なのではないでしょうか。

珪藻土クロスはダメですよ、ほとんど効果ありません。

役に立つ回答にはなっていないと思いますが、参考までに。