工務店との契約について

質問させていただきます。
地元工務店と今年5月に工事請負契約を交わしました。
土地は、工務店が区画整理を行なったもので、土地売買契約も併せて工務店と行いました。
契約前3月下旬頃に、モデルプランとその見積もり及びその工務店で建てた場合の建築費用、諸費用の目安というものを貰いました。
どちらも諸費用については、ほぼ同じ金額。
モデルプランは、延床面積34坪、目安は38坪で、どちらも二階建てになります。
契約前の打ち合わせでは、貰った書類の金額で建てることが可能と説明を受けています。
ここからが、質問になります。
①契約書を確認してみると残土処分費、現場管理費、近隣保全金、屋外給排水雨水工事費が合計で、最初に貰っていた資料より90万も上がっています。
1カ月ちょっとで、このように価格が上がるものですか？
私が依頼した建物は延床面積35坪です。

②次に間取りについてです
契約前の打ち合わせにおいて、こちらが希望する間取り、広さを伝え、何度か間取りを作成してもらいました。
その際に、間取りは契約前に確定させてから結びたいとお伝えしましたが、『契約前に確定することは、難しい、少なからず変更になる』と言われしまいました。
それでも、希望を伝え、当初思い描いていた間取りが完成したので、この間取りでお願いしますと伝え、工事請負契約を行いました。
契約書にも、同じ間取りの図面が添付してあります。
ただ、契約前に気になる部分があり、それは排水の関係と隣地との距離を確認しないといけないと言われていました。
その点については、現場監督と営業担当、設計で実際の土地を確認したところ、問題ないとのことだったので、間取りを変更することなく契約となりました。
しかし、契約後、1回目の打ち合わせの際、設計士から、やはり隣地との距離の問題があって、今のままでは難しいと言われ、およそ1坪分を減らした間取りを提案されました。
提案された間取りは、LDK、ファミリークローゼットが少しづつ減らされ、トイレが階段下に移動されました。
この間取りで納得がいかなかったので、元々建物の内側に入っていた玄関ポーチを建物の外側にだし、1坪分建物内を空けて、元の間取りに近づけましたが、どうやっても階段下トイレだけは、無理でした。
このような状況なのですが、間取り変更は受け入れるべきですか？
契約を結んでいるので、破棄すれば違約金がかかりますし、こちらに非があるようには思えないのですが。
契約書には、間取りの変更を求めることができるものとする。との一文はありますが、納得できません。
アドバイスをお願い致します。