玄関周りと風呂の断熱・気密について

お世話になります
京都市内で新築建築中です。先日上棟後に工務店のミスが発覚し、復旧方法を提案されているのですがそれが妥当なものなのか専門家のご意見よろしくお願いします。また、当該部位の断熱仕様についても疑問が出てきたので合わせてお答えいただけたらと思います。

構造:木造2階建(建坪36坪)　ベタ基礎　床下断熱(カネライトフォーム90mm)　高断熱浴槽使用　長期優良住宅
ミス内容:玄関土間と土間収納、浴室周りに気密パッキンを入れるべきところを全て通気パッキンで施工してしまった。
対処案:発泡ウレタン充填と気密シートで通気孔を潰して気密を確保する。

この方法だと外壁側はパッキンの穴から断熱材がのぞいている形になり、断熱材が直接外気にさらされて劣化しやすく、後々躯体に影響が出てくるのではと心配してます。
この問題が生じて当該部分の図面を再確認して思ったのですが、土間部分(3畳)は無断熱、浴室は基礎の立ち上がりだけ基礎内断熱仕様ですが、これは一般的な設計ですか？特に土間部分に断熱材はいらないのでしょうか？

よろしくお願いします。