ラウムアソシエイツの宗本です。
原因は、大きく2つのことが考えられます。
1,新幹線の通過の際の振動が地面を通して伝わり、その振動数と建物の固有振動数が一致する場合相当増幅されます。列車によって揺れが異なるのは、多分これが原因でしょう。
2,列車の通過時の風圧による空気から来る振動による場合もあります。
いずれにしろ新幹線の公害なので、調査費用は結構かかるので、JR東日本に言って原因を調査してもらうことが重要です。
対策
1,地面から来る場合は建物で振動を吸収する(免震などただし垂直の振動はとれません、水平のみです)木造住宅ですと軽いので、工業用の防振ゴムでも効果がでますが改修では大変でしょう。
2,建物基礎周囲の地中に振動を吸収するクッション材(硬質発砲スチレン材)で、地面からの振動を遮断する。
3,建物を補強して剛性を高めて固有振動数を変える。風圧による場合は、剛性を高めると大変効果があります。
2と3が現実的な答えです。
いずれにしても、防振防音の工事は必要でしょう。
ご参考までに。
宗本順三