登り梁構造の混在について

元々登り梁工法と言いながら、水平梁が入っているのですから、この梁は小屋組みだけの問題ですので、言っていることは間違っていないと思います。しかし、本来構造計算を確実にしているのであれば、この登り梁は屋根の荷重を確実に梁や桁に伝えていたので調整後のものより丈夫です。赤丸の桁に母屋が載っていないのが気になるのであれば、この箇所だけ母屋を大きくしてもらって、桁に直接母屋をコーチボルトのようなもので接続してもらうという方法もありますが、一般的な木造の施工はこんなものではないでしょうか？

どのような設計なのか、資料や文面だけは判断できませんが、
設計事務所や施工者が問題ないと言っているのであれば、しっかりと記録を残して
なにかあればしっかり対応してもらえばよいと思います。
確認申請も出すはずですから、おかしなことはしていないはずです。
それでもご心配であれば、別の方に費用をお支払いして
チェックしてもらえばご安心かもしれませんね。

千種さん、おはようございます。
平面図や伏せ図がありませんので、一般的なコメント程度で。

登り梁は、部分的に使いますので、それ以外と混在するのが普通かと。
水平方向の梁と小屋束を省略したい場合に、部分的に使用します。
（吹抜等で、上部をすっきりさせたい場合等）

　登り梁は、一般的な他の部分（構造）に比べて高額になりますので、
通常はその範囲を最小限にするよう考えます。
　登り梁にしたらかと言って、屋根の強度には影響ないと思います。

　「構造計算」というのは、「軸組計算（すじかい計算ともいいます）」
ではないでしょうか？
法的には「軸組計算」で良いです。

添付されている断面の部分は、もともと登り梁にする必要がありません。在来の小屋組みで充分です。登り梁にしても、下から見えないわけですから、登り梁にする意味がありません。

リビングの吹き抜け部分のみを登り梁にされるので良いのではと思います。ただし、調整後の垂木の向きを見ると、ダイニング上部で流れ方向と桁行方向が混在しているので、これは好ましくありません。軒に登り張りを露出するのは、防火上も良くありませんので、ダイニングの勾配天井の部分の登り張りは中止されたほうが良いと思います。垂木は流れ方向に統一されたほうが良いでしょう。そのためには、リビングの上部の登り梁の上に母屋を設置し、その上に垂木を流れ方向に葺くことになります。またリビング上部の登り梁は、軒下に延ばさないほうが良いでしょう。軒天は垂木にケイカル板を貼ることになり、当初の意匠はできませんが、建築後のメンテナンスを考えてもそのほうが賢明です。

調整前の構造は、登り梁の上に直接桁行方向の垂木が載っていますが、これをするためには、登り梁のピッチが細かくなり本数が増えます。とても割高になりますので、やはり登り梁の上に910ピッチの母屋を載せたほうが良いと思います。

調整前の垂木の向きですと、屋根裏の通気が出来ません。リビングの屋根の断熱が充分できないので、大変暑い家になります。その意味でも、登り梁の上に母屋を設置し、そこに断熱材を充填し、母屋の上の垂木部分で屋根裏の通気を確保するのが良いと思います。

そもそもの話ですが、防火上、軒下に木造の梁を露出できる地域ですか？京都府とありますが、ずいぶん郊外なのでしょうか？

平屋ですから問題ありません。