２階床の設計に関して

現在ローコスト住宅にて新築戸建て建設中の者です。
（基本の形が決まっていて、その中から選ぶタイプの家です。）

３月末の契約の前に、その時に
家族全員（４人）で布団で川の字になって寝たいので、
２階の主寝室（８畳）をフローリングからタタミに出来るか確認した所、
”設計に確認してみます。”との事でした。

後日、
”設計に確認したら出来るとの事です。
ただし、タタミにする場合、床を下げなくてはいけないので、
設計変更費と追加料金がかかります。”　
と回答を頂きましたので、その追加を入れて４月初めに契約致しました。
※契約時の仕上げ表で、”タタミ敷き　ｔ＝５４ｍｍ”となっています。

現在（９月中旬）の進行状況は、屋根も終わり、断熱処理も終わり、外壁工事、内壁のボード等を行っている所です。
しかし、２階の主寝室の床が他の部屋と同じ高さで出来ていました。
現場監督から、
”申し訳ありませんが、１５ｍｍの薄タタミしか入りません。”
と言われました。

身内の家に同じ様なタタミを使っていると聞き、感触を確認しに行きましたがやはり硬く思えました。

何とかならないか相談した所、
”他の部屋の床、廊下と天井を５０ｍｍ上げれば何とか出きると思います。
ただし、窓の高さはどうにも出来ません。”
との事でした。

作業としては、
他の床は合板を重ねて高さを合わせ、
２階天井取り付け用の金物は一旦取り外し上にずらし、
巾木の裏の板は断熱材を切り取って追加する。
との事でした。

担当営業の方に契約時の確認をし、
何でこうなってしまったのかと問合せをしてみました。
”多分、設計のミスと、プレカットのミスだと思います。”
との事でした。

私としては、
せっかくここまで大工さんがきれいに仕上げてくれたものをバラシて、
柱等をクギの穴だらけにして、
金物を再使用する時に曲がってしまった物を使って（かなり薄い鉄板0.５ｍｍ位？）、
断熱材（吹付けの断熱材）をボロボロにし、
無理やりつじつまを合わせる事に抵抗があります。

この様な事はよくある事なのでしょうか。
やはり、薄タタミで我慢するのがベターなのでしょうか。
かなりショックです。

近いうちに一度ＨＭが、この件について話し合いを行いたいと言っています。
私が出来る対応は、どの様な事が出来るでしょうか。

ご教授下さい。
宜しくお願い致します。