建築確認後の変更

基本的な高さや面積等骨格に関わるものはダメです。建築面積床面積等は軽微変更に入りません。基本的に法的解釈に有利側ならよいですが厳しい方に触れる時は建具の大きさ等々です。最終的に確認を下ろした建築家にさいしゅうかくにんをとることです。完了検査はその申請を代行したから竣工検査も通す責任があります。

①②③の内容であれば再申請は不要、「軽微な変更」としての手続きが必要になります。
長期優良住宅についても開口面積が変わるので手続きが必要です。
費用発生については、申請先での変更申請手数料はかからないと思います。
申請業務を実際に依頼している設計事務所・工務店等の追加費用については、先方次第だと思います。

建物の構造が不明ですが、構造に因っては軽微で済まない事になります。
①は何の構造の腰壁をルーバーに変えるのか？
RC造だと軽微で済まないかも。
鉄骨造か木造だと軽微な変更かと。
②は大きさを変えた開口部がある壁が構造壁なのかどうか？
開口部幅が拡がるとRC造だと軽微では済みません。
鉄骨造と木造でも構造耐力壁に影響があるかどうか？で軽微では済まない事になります。
③は高さの変更のみであれば軽微な変更かと。

いずれにせよ、確認申請の代理者となった設計事務所に確認されたら良いと思います。

オール軽微でオーケー！！

軽微変更と計画変更等がありますが、基本的なお話としまして建築面積・延床面積の増加、建物高さの増加、構造の変更、建築基準法に関わる計画変更等は計画変更になります。
計画変更とは基本的に確認申請の取り直しになりますので、確認申請料及び申請により発生した作業料が掛かりますが、この費用は計画変更の起因を作った方が持つのが道理かと思います。
お問い合わせの３点に関しては軽微変更だと思いますが、設計者がいらっしゃると思いますので担当者に確認してもらうのが必要と思います。