ジャンカ？

内部鉄筋が錆びないように補修する事です。

まあジャンカって言えば、そうですね。
下手くそだし、汚いですね。
今時ここまで下手くそな基礎屋なら相当に
安いから使ってんでしょう。

耐力的には、そこまで心配しなくていいです。補修は簡単に出来ます。
ジャンカってのは骨材とセメントが、
綺麗に混ざらないで型枠に空隙が出来てしまう事です。
鉄筋の適切な被り厚さが確保出来ません。
でもこれは汚いだけです。

水が溜まるのは結構アルアルです。
ホウキで掃いてボイドから捨てましょう。

安そうな請負先ですね。

写真を見受ける限りは、即欠陥に結びつくようなジャンカではないと思います。
ジャンカを未然に防ぐには、打設時に振動を与えコンクリートが隅々までいきわたるようにしたり、コンクリートの流動性を高めたりして対応しますが、それをやりすぎると違う部分い悪影響が出る場合があるので、実際には頃合いが難しいところです（工事屋さんの技量で差が出ます）。程度の差はありますがこのような小さなジャンカは発生してしまうことがあります。
設計事務所が監理者として入っている場合は、通常、工務店と監理者が協議して対応していきます。そうでない場合、気になるのであれば、モヤモヤが蓄積していくとよいことはないので、工務店に尋ね工務店の認識を確認をすべきです。

基礎の水たまりですが、コンクリート自体は水との相性はよいので水が溜まっていることによる悪影響はありません（水の中でもコンクリートは固まり強度が出てきます。ただ、監理者の立場としては以降の日程・天候次第ですがうまく排除してほしいところです）。上屋工事を進める際は、コンクリートが湿ったままだと、1F床を伏せるにあたって湿気がこもるので乾かす必要があります。ただしコンクリートは見た目が乾いていても、新築後しばらくの期間内部の水分を発散し続けるので床下の通気は重要になります。

いずれも、疑問点は工務店さんにぶつけてください。そのうえで納得できない場合に第三者の意見を参考にされることをおすすめします。