新築塩ビタイル施工費

現在、首都圏で木造在来工法で新築計画中です。
塩ビタイルの施工についてご意見をください。

計画では床材の大半をパインやカバザクラなど無垢材フローリングを採用予定です。ただし、トイレや洗面室など水回りは塩ビタイルの採用を考えていました。
これは水に強いことと、製品の単価ベース減額になることを考えてのことでした。
これが実際には詳細見積もりでは、塩ビタイルが12000円/㎡無垢パインフローリング4000円/㎡で3倍くらいの価格を提示されてしまいました（単純な製品価格はパインの半額程度）。工務店側の主張では、捨て板が必要になることと、職人の人件費がかかってしまうこと、の二点のようですが、塩ビタイル施工がここまで高価になることがあるのでしょうか？
事前にそんな話もなかったため、ショックを受けています。