間取りのご相談です。

間取に明確な答えはありません。
hamoさんのご質問は病院電話して、体調が悪いけど、原因は何ですか？
と聞いているようなものです。
暮らしぶりは住まい方を伺わずに、良いも悪いもお伝えのしようがありません。
ましてやご自身の希望をそのままに進めているのでしたら猶更です。
持ち込んだハウスメーカーの設計士さんにご不安そのままにお伝えしてしっかり相談するべきです。

二、三分拝見しただけで指摘する話が上がらずに話しは先は先へと…そんなハウスメーカー、設計者と数千万の家作りをされてしまっていること、お見舞い申し上げますとしか言いようがありません。
さて、階段を3段割りにして11段で中間階にしてますね。一段の高さをどう設定しているかわかりませんが、一階の和室の天井高さ、居間から利用する収納の高さをいじめてまでスキップフロアにする意味があまり感じられません。なにしろこの収納は奥の物は取り出しずらいか、手前半分は使わないか。階段は半時計回りに完全に二階まで上がりきっては如何でしょうか？そうすれば居間から利用するより食堂に入る直前に廊下から利用できる、幅も高さも確保された収納に変わると思いますよ。半帖の収納はシューズクロークと向かい合う側に扉でしょうか…。
それによって中間階から入る洋室入口は、寝室内に設けた階段スペースからになるでしょう。そして寝室に入ったら赤線の引いてある…図では横方向で小屋裏へ上り、その階段下は中間階だった洋室側から利用する収納も良いでしょう。
また、二階の便所までの動線も室内の壁に沢山写真でも貼る以外に考えられない無駄な廊下といった印象です。二階のトイレはそこに至る廊下の開始位置あたり、階段室と子供室の間は如何ですか。階段室の玄関側の便所がなくなれば、玄関ホールの上部が空いて、吹抜けのようなものが設けられると思います。それには玄関上部の屋根を工夫してもらって下さい。階段は広く、玄関も伸びやかな縦方向の空間が広がるかも知れません。スキップフロア型は中間階の上下をうまく使えないと、こうしたデメリットばかりの計画になります。スキップが憧れであれば、階段の向きを逆にした図の左手を中間階を寝室にして検討なさっては如何ですか？中間階の下は天井高さを比較的必要としない居室以外を納め、小屋裏階は中間階の上として建物の全体高さを抑えてみる方がコストもかかりませんから。

施主が書いたプランをそのまま図面にする、なんとも楽な仕事です。施主の要望を形にしているのか、それともめんどくさい施主だからそのまま書いておけと思われているのかは分かりませんが、いずれにしても楽しく機能的な家にはなりません。
プランの良し悪しを指摘しても、そのアドバイスがあなたにふさわしいものなのかどうかは分かりません。あなたの好みを全く知らない人に、ねーこの洋服どう?と質問しているようなものです。箇条書きでもいいので依頼しているハウスメーカーにあなたの思いを伝えてプランを再検討してもらったほうが得策です。

初歩的な事としては、他の建築士の方が指摘されているように階段周りの作り方があいまいで和室の天井高さがおさまっておりません。また一見して日射取得窓が少なく北側あるいは東西の換気窓もとても少ないので日照利用と窓換気利用はほとんど期待できません。

1階は階段が邪魔
階段の最初の段の上に2階があるので頭がぶつかりそう
クローゼットの入口がない
2階トイレ前の廊下が無駄
洗面が使いにくそう
窓の配置が風の通りを全く考えていない
敷地との関係が分からない
家具や備品などを書かないといいかどうか使い勝手が分からない

手直しをしてどうにかなるという段階ではありません。
設計者のレベルが低すぎます。
それでもまだ、そのメーカーにこだわりますか？

階段が出っ張っているのは致命的です。
ちゃんとした設計士に多少なりともお金を払いまともな道を歩かれてはいかがでしょうか？

hamoさん
お疲れ様です。

気が付いた事をコメントします。

前の方々もおっしゃってる通り、設計者のスキルレベルは、相当低い様です。
学生以下かも知れません・・・

一応箇条書きしますと、
・階段廻り-1階
上り始め位置が、2階の階段室吹抜から、3段分出っ張っていますが、頭が当たるくらいの関係です。
出っ張っても2段までではと思いますので、最低でも1段引っ込めるべきです。
・階段廻り-2階
11段目で洋室に入っていますが、1階の和室天井は頭は当たりませんが、圧迫感がある高さになると思われます。
最低でも12段目にしたいところです。
・階段廻り-ロフト階
2階の寝室の中を通ってロフトに行くというのは、全くNGな計画で、お話しになりません。
何とかして廊下（共用部分）から上がれる様に検討すべきです。
・浴室の入口を奥に設置するよりも、手前から入れる様にした方が、脱衣スペースが、随分と有効に使えます。
何か障害があるのであれば、それを解決する様に検討すべきです。
・2階のトイレは、何故こうしたのでしょう・・・
その手前の廊下をトイレにすべきと思います。

他にも少し細々とありますが、その辺りが大きな問題かと思います。

やはり階段廻りですね。
上記の事を言って、再度検討をお願いする事をお勧めしますが・・・、そもそもスキルが低いので、あまり期待出来ないのがつらいです。

後は、全く別の建築家さんに「基本設計」だけを別途依頼するか、今一つの方法として「セカンドオピニオン」という手もあり、上記の様な問題点を指摘して頂き、プランだけ作成して頂いては如何でしょうか？
勿論、私の方でも承れます。

一生住む家にしては、失礼ですがあまりにもお粗末な計画だと思います。

よくよくお考えになってご判断して下さい。
どうぞ頑張って下さい。