土地形状について

seさま

高低差のある面だけ基礎の根入れ深さを深くするなどの対応は厳しいのでしょうか。
安息角を考慮すれば一般的には問題ないことが多いのですが。

どういう内容で契約されたかによりますが、弁護士さんなどに相談された方が良いと思います。
いずれにしても、ここまで業務をしてもらっていたわけですから向こうに落ち度があったとしても、作業した分の費用はかかると思います。

「擁壁」は確認申請などの記録がなかったのでしょうか？。
やはり「擁壁」の設計条件を把握されずに、計画／設計を進めてしまったことに原因がありそうですね。
あくまで憶測ですが、進めておられる「基礎構造」に杭などは使っていなと思いますので、基礎の構造設計を見直して「杭構造」などとすることで、既存の擁壁が建物の荷重に影響させないようにすることはできるのではないでしょうか。
せっかく、今まで希望を計画をに詰められおられるので、技術的に解決することで対応していただくのが良いと思います。
それでも「対処」できないのでしたら契約からの見直しをされることになります。
なお、技術的に解決するには「コスト」はかかりますが、それは契約の元請けと相談されると良いでしょう。

「建築条件付き」の土地ということは、原則３ヶ月以内に施工会社と工事契約を締結することを前提とした土地です。
seさんは、まだ施工会社と工事契約を締結していないのであれば、白紙（契約解除）に戻せるのではないでしょうか？
さらに、それまで先方に支払った金額はそのまま戻ってくるはずですが。

それが、本来「建築条件付き」の土地というものです。

さらに、その土地が当初の話と異なり、その部分が設計に大きく影響するため、土地を仲介した不動産会社、あるいは施工会社に問題があると思います。
「重要事項説明」に匹敵する内容です。

契約解除することをおすすめします。
seさん側が費用等を支払う義務はありません。

そして再び土地をお探しの際には、「建築条件付き」の土地は避けるべきです。
３ヶ月以内に間取り（といっても最低限、平面図、立面図、断面図は必須）を決めて工事見積りをして工事契約まで行うことは、設計事務所の立場としては時間があまりにも短すぎます。そんな簡単に住宅の設計は出来ません。
そんな短期間で設計から工事契約まで進めた結果、設計以前の重大な問題を確認することことを忘れたとも言えます。

今後再び土地をお探しになるのであれば、建築士など建築法規に詳しい方に相談し、気になることはどんどん聞いたり、自分たちでも行政機関（役所）に出向いて確認されたほうがよろしいかと思います。

状況がわかりませんが、擁壁の上に建てると言うことでしょうかね。
そして、L型擁壁の底盤が2ｍくらいまで敷地の中に入ってきているので、設計側の方が、擁壁の支持地盤の状況を見て、建物が擁壁の底盤にかからないように2ｍままだ下がって建ててほしいという事でしょうか。その場合でしたら、状況にもよりますが、基礎強化＋杭でいける可能性は有ります。1ｍ程基礎で持ち出すような形ですかね。他の条件であればちょっとわからないです。

答え＝まともな建築士がいないと言うことです！

今後も心配なら責任を取らすべきです。取るなら納得できる条件としいやなら破談とすることです。

後はご自身の家に対する愛情で、自分で明解なる決断をする大人の覚悟の問題です。