自宅前に事務所を建築する際、建築確認の名義が個人名になってしまい、金融公庫の借入困難な場合

5年前に購入し、自宅を建築している庭に事務所兼倉庫を新たに建築する予定にしています。政策金融公庫に借入1000万の申請が通り、この度確認申請書を提出したのですが、個人名では借入実行出来ないとの連絡がありました。
自宅前に建てるため、会社名で確認申請をするとなると土地を分筆しなければならず、新たに浄化槽等設置などが必要になるため、増築という形が一番良いとのことで、今回個人名になったのですが、実際使用は会社なので借入が出来ないと困ります。金融公庫の担当の方は実際会社が使用するのを説明できたなら大丈夫だと思うとのことでしたが、税理士さんからの電話では難しそうです。
こちらの確認不足で大変お恥ずかしいのですが、図面も提出していたにも関わらず、実行できないと言われても、実際基礎工事が開始されているので困っています。とりあえずもう一度検討してくれていますが、まだ返事がありません。
事務所として使用するのであれば、その使用割合で個人名であっても借入出来ると
思っていましたが、違うのでしょうか？また、金融公庫で借入が出来なかった場合どのような対応したらいいでしょうか？商工会議所や銀行に相談したらいいのでしょうか？会社名での借入は断念し、個人で借入するようになるのでしょうか？その場合、夫は今の家のローンが残っているので、妻が借入をするようになるのでしょうか？（ちなみに妻は契約社員（他会社）です。）
それか、この際に住宅ローンの借り換えをして、この増築分も入れてローンの借り換えを検討したりできるのでしょうか？
質問ばかりですみません。予想外のことが起こり、困っています。何か良い方法があれば、教えていただけると大変助かります。よろしくお願いします。