申請費用について

こういうことは地元役所に来こと大切です。地域によって違う場合があるからです。建築家が良いと言っても、役所がダメということ多くあります。その権限は建築家になく建築主事にあるからです。キッチっと当事者意識を持ちながら自分で借金をして事業を起こすわけですから一番確かな確かめ方を実践してください。建築家は地域による規制は把握していません。責任を取れる正式回答者ではありません。間違いのない手順を踏みましょう。

回答いたします。
まず疑問ですが、新築建物を建てる場合必ず建築確認申請が必要です。
ですので申請費用はかかります。
確認申請を出しますので、完了検査費用はかかります。完了検査の合格をもって建物の使用が認められます。
省令準耐火については保険料がかなり安くなるなどメリットもありますが、やめて標準とするばあいは必要がありません。
完了検査は審査期間にお施主様が申し込む（もちろん設計者が代理を行います）ことになりますので審査機関への手数料となります。
確認申請に関しては審査機関への手数料の他に必要書類をつくり、お施主様の代理として書類を提出しますので、そこに設計者への報酬もはいってきます。
通常は設計手数料を見積もりに含め、審査機関への建築確認申請と完了検査の手数料は都度お施主様にご請求（審査機関からの請求書）がいくことになります。

以上ご参考ください。