基礎の高さが1番低いところで地盤から5センチの土台の対処方法について

中古戸建てを購入し柱数本を残しフルリノベーションをして5年経ちました。
基礎は布基礎だったものをベタ基礎にし既存の基礎を補強打ち増しをしています。
以前建っていた建物を解体するとシロアリや湿気によるダメージが酷かった為、設計士の方が床下を気密構造にし湿気を入れない構造にしているとのことです。

今回外壁からの漏水により軒天井（ジプトーン）に水濡れのようなシミができているのに気づき工務店の方に見てもらうと下からの風の吹き返しによる汚れだと言われましたが、その軒天井の真上がトイレだった為トイレの配管から漏れていると思い、軒天井を外してもらいました。
すると、トイレからのもれではなく外壁から雨水が侵入してしることがわかりました。
メーカー（ニチハ）に確認したところ外壁は100パーセント水漏れを防ぐことはできず、2次防水の為に透湿シートがありますので通気をしっかりとれば問題ないとの回答でした。
全ての軒天井に通気がなく密閉していた為に、通気胴縁から雨水が侵入しても水が軒天井裏に溜まり今回のシミの原因となっていました。
これから軒天井部分にオーバーハング（HKF-2555）をつけることになっております。
このようなことがあり通気の重要性に気づきサイディングが地面まで貼っていることに疑問を感じ設計士の方に尋ねたところ、設計士も下まで貼っていることに気づいていなかったとのことでした。
とりあえず下部のサイディングを剥がすことになり剥がしてもらうと今度は地盤と土台の間の基礎が5センチ程度ということが発覚し、設計士に問い合わせると、今回の件は工務店が勝手にしたことだということの一点張りです。
工務店側は基礎を綺麗に仕上げる話しをした際にサイディングで被せるので大丈夫だと言われた（私も聞いています）との主張です。
しかし設計士の方が設計監理はしましたが、施工管理は工務店ですので、施工した側の責任だと言い平行線をたどっております。
工務店の方は協力的に動いてくれるのですが、設計士の方に相談しても電話が長引き挙げ句の果てにはこれは業務ですか？などと言われる始末で今後相談することが困難になっております。
最終的なアドバイスとしては土台から1〜2センチサイディングを被せるしかないということでしたが、それで大丈夫（法律上指定の高さがない為）と言えないそうです。
サイディングの隙間には防虫ネットを入れる予定ですが、シロアリや湿気対策で何かアドバイスがあればと思いご質問させていただきました。
写真の透湿シート部分が土台となります。

文面がわかりにくいかと思いますがお力添え頂ければと思います。
どうぞよろしくお願い致しますm(_ _)m