はじめまして、Toolboxの森といいます。
屋根の太陽光パネル設置で実際に雨漏りが発生する案件があるようです。以下のサイトに「当社はこのように納めています」という図が出ているところがありましたので参考になさってみてください。
http://yazukai.net/nayami/amamoritaisaku.htmlここで紹介されているような方法であれば、おおむね大丈夫と思われます。
しかし、以下の点を補強され、かつ容易にメンテナンスが可能なように設置方法を考えてみることをお勧めします。
１．瓦に穴をあける場合、割れてしまったら必ず新しい瓦と交換する。（割れることは基本的にはないとは思いますが）
２．特殊ゴムキャップをかぶせて表面をシールしているだけですが、ゴムキャップをかぶせる前にボルトと穴の周りを防水シールを充填すること。ゴムキャップは必ず劣化します。耐久性シールを行うと書いてありますが、多少長いかもしれませんが、シールの耐久性は２年ほど、最近はもう少し長くなっているとは思いますが。
３．野地板とベースプレートの間にブチルゴムシートを挿んでからビス止めすること。これはビスで野地板に穴をあけた時に、そこからの漏水を防ぐ意味があります。
４．漏水した場合の補償を明確にしておくこと。
しっかりした施工をすれば長期間持つとは思います。しかし、図面上はいい納め方をしていても、実際の施工の段階では何があるかわかりません。漏水事故が起きるのは、何らかの工事上のミスによる部分が弱点となることが多いです。
上記の点を踏まえて、施工者によく話を聞いてみてはいかがでしょうか？
