guttan さん、こんにちは。
先に回答された方々がお答えしているとおり、2世帯住宅だからと言って特別な決まり事や計画の進め方はありません。
あまり難しく考えない方が良いです。もちろんメリット、デメリットがありそれを理解した上で選択すれば良いことだと思います。
その上で、2世帯住宅を計画する上で大切なこととして簡潔にアドバイスすれば、共用部分の線引きです。
例えばリビングや玄関は共用にするけど、キッチンや風呂などは別々にする、と言うような分け方です。
敷地が88坪あるようですから、一例として庭や玄関アプローチだけ共用という計画もあります。
この場合は2棟かあるいはタウンハウスのような形態になります。
よく言う「スープの冷めない距離」に近い二世帯住宅です。
大まかな考え方がまとまったら、建築計画や資金的なことを専門家にご相談されてみたらいかがでしょうか。
2世帯住宅のメリットを生かす住まいを実現できると良いですね。
以下に私どもで係わった完全分離型の二世帯住宅をご紹介します。
共用部は庭とガレージ、ルーフテラスです。子供たちがこのルーフテラスを介して双方の住まいを行き来しているようです。
http://www.atelier24.jp/it/pro_it.html