ゾーニングの観点から、玄関スペースとWCや浴室の水廻りとの間に壁を造って、ゾーンを分けたほうが良いと思います。玄関⇒和室前の廊下⇒リビングダイニング⇒キッチン⇒水廻りという風にゾーンが進行したほうが良い家になると思います。玄関スペースは下足収納とクロセットを含んだゾーンにします。玄関とWCの動線をどうしても残したい場合は、壁に扉を付けることも可能です。
吹抜けの位置は赤ペンのほうが、構造手的にも良いでしょう。階段室の北側上部にトップライトがあると、明るい階段室になります。ちょっと値段が高いですが、リモコンで開閉できるトップライトを設置すると、階段室の換気が効率用良くできます。電動ブラインドもあったほうが良いです。
全般的に窓が小さいですね。空調優先でしょうか?Low-eのペアガラスを入れれば、そんなに神経質になることは無いのではと思います。寝室も普通の引き違いのほうが良いような気がします。風通しの良いことが優先します。吹き抜けの上部のFIX窓は、メンテナンスできないので、メンテナンス方法を検討しておいた方が良いと思います。洋室の吹き抜け側に木製窓を設置すると、吹き抜けのメンテナンスに役立ちますし、1階キッチンと洋室の関連が親密になって良いのではと思います。
ご家族にとって良い家になりますように!