上下完全分離型二世帯住宅での冷暖房計画

自分自身の戸建住宅を建てようといろいろと調べる中で、個人的には
「高気密高断熱＋床下エアコン（暖房）＋小屋裏エアコン（冷房）＋ダクトレス一種換気（澄家）」
の組み合わせがいいかなと考えていました。
上記組み合わせに惹かれている主な理由としては
・快適な住環境のためには高気密高断熱＋全館空調を導入したい
・ただし、特殊設備の全館空調は（初期＋ランニング）コストがかかるため、家庭用エアコンで実現したい
・ダクト式の空調／換気はダクト内の清掃に難あり
といった点です。

一世帯の戸建て住宅を建てるにあたり上記の組み合わせに対応している工務店を本格的に探そうとしていたところ、両親との二世帯住宅が話題に上がり、急遽そちらに方向転換をすることになりました。
しかも同居型ではなく、上下完全分離型の二世帯住宅となります。
上下完全分離の二世帯住宅の場合、「床下エアコン（暖房）」や「ダクトレス一種換気（澄家）」は床下部分をフル活用する前提のため難しいと考えています。

そもそもとして、上下完全分離型の二世帯住宅で、全館空調を初期コスト・メンテナンスコスト共になるべく抑えて実現するためにはどのような方式が考えられるのでしょうか？
というか、そもそも特殊設備以外で上下完全分離型の二世帯住宅で全館空調を実現することなど現実的なのでしょうか？
個人的には、暖房として全館床暖房にして、冷房は諦めて各部屋でエアコンをつけるしかないのかな、、、と考えています。（必然的にメーカーは一条工務店になってしまいますが、、、）