三階建二世帯住宅の耐震等級、制振について。

大阪府泉州地域にて実家を建て替える、在来木造三階建て二世帯住宅をHM(ローコストではありません)で契約し設計中です。

皆様にご教授願いたいのは、耐震等級についてと、制振構造についての考え方をご経験からどうなされているのかです。

泉州地域ですが、海から離れているので、津波については心配していません。
共有部は玄関のみ、1階の建坪は22坪ほどで、延べ床で52坪ほどになります。
形としては、土地が道路接地面が広い三角の変形地のため、台形のような形です。ビルトインや、開口部が広い窓などは一階にはありません。
長期優良住宅を取得する予定のため、耐震等級は2以上にする予定です。
現在の設計で構造計算をすると耐震等級は2になるとのこと。
耐震等級3にするためには、どのような間取りの制約がでるのかを計算してもらっているところです。

私も良い家を建てたいと思い、在来木造三階建の耐震等級と安全について、ネットですが少し調べました。すぐに出てくるものは、耐震実験では耐震等級2が倒壊した。という結果で、私は家を作るなら絶対に耐震等級3！と思っていたのですが、今は耐震等級をあげて剛性を高めることに不安感が高まっています。
耐震等級を3にするということは柔軟性を失わせることなります。と担当設計士も言っていたのですが、どうすることが良いとは明言しませんでした。
依頼するHMの中では今まで建築した三階建はすべて耐震等級2にしているそうです。

また二階建てるなら制振機能もつけたいと思っていました。
三階建を建てることになり、担当営業からは、三階建には必要ありません。と言われ設計に入れていません。
地盤が大切で、耐震等級がすべてではないということは理解しているつもりです。
地盤についてはまだ不明ですが、改良費用は盛り込んでいます。

少ない情報だとは思いますが、他のプロの皆さんの意見がお聞きしたく、質問させていただきました。
三階建の耐震等級について、制振について、皆さんはどう考え、設計、建築されていますか？？
よろしくお願いいたします。